水產品質量安全追溯系統其功能主要包括：日常操作、檢疫檢驗、基礎設置、日常監管、統計分析、電子地圖等，實現生產養殖記錄可存儲、產品流向可追蹤；把水產品從生產養殖到銷售等結合起來，形成一體化的水產養殖質量安全追溯信息網絡，逐步實現規范化、制度化，將監管工作從“事后救火補漏”的被動工作模式中解放出來，向常態管理和源頭管理轉變。
該系統的順利實施能為政府監管部門進行水產養殖質量安全監管提供有力的技術支撐；為企業從養殖、生產到銷售各個環節提供一個電子化管理的平臺，并幫助其實現品牌效應，提高產品市場競爭力；為消費者了解所購買水產品信息提供查詢平臺，實現消費者的消費知情權，并為消費者提供一個保護消費權益的通道。
1、基礎設置管理
下設苗種檔案、養殖池檔案、供貨商檔案、原料（飼料和漁藥等）檔案、客戶檔案、員工檔案、計量單位檔案等，實現紙質業務數據電子化，管理模式更加科學化。
2、檢疫檢驗管理
下設檢驗檢疫管理、疫病上報等功能模塊，建立覆蓋全面的檢驗檢疫管理網絡系統接口，對疫病信息進行及時存儲、預案和上報，實現對重大疫情的信息化、網絡化管理。
下設水產養殖生產記錄、水產養殖用藥記錄、水產養殖銷售紀錄、原料（飼料和漁藥等）進貨及庫存管理、苗種投放記錄等功能模塊。實行“定制、定量、定時、定位”的“四定”投飼原則和“看水質、看天氣、看魚的攝食活動情況、看季節”的“四看”投飼方法；堅持“預防為主、防重于治、無病先防、有病早治、治病有方、防治結合”的基本漁病防治原則，采用綜合生態防治漁病的方法。
實現分級管理，執法人員可借助系統更快更好地完成對舉報投訴事件的處理、日常巡查登記、抽檢信息登記、檢測信息登記，發現問題可快速查詢分布情況，采取有效處置措施。此外，還可根據系統反映的綜合信息，有重點、有針對性地加強監管。
5、統計分析管理
該子系統下設圖形監控、匯總統計兩個功能模塊，并自動生成曲線圖、柱狀圖與餅狀圖，更直觀地顯現各種數據的統計匯總。
權限：通過權限等級劃分，實現逐級監管，各自管轄自己范圍內的用戶。
搜索功能：實現根據區域、用戶名稱、關鍵字搜索出結果，點擊用戶名稱，地圖可顯示該用戶所在位置等相關信息。
用戶：用戶基礎資料字段（用戶名稱、用戶負責人、用戶電話、用戶地址等）；地圖（經度、緯度 縮放等級）；存放地圖數據。
展現形式：使用樹形菜單顯示層次結構。點擊管理級別可出現對應地圖范圍。如：點擊“XX市海洋漁業局”，則出現XX市海洋漁業局監管范圍內地圖，并根據權限讀取XX市海洋漁業局監管范圍內的所有用戶地圖信息在地圖顯示。
地圖展示功能：地圖顯示用戶標注的地方均能點開層，并顯示詳細信息。
溯源碼管理通過對水產養殖基地即將上市的水產品的標記需求，可打印用于粘貼于水產品的外包裝，除此以外，溯源碼生成管理功能還具備為用戶提供溯源碼編碼生成、內容修改、檔案關聯等自定義管理等功能，為充分實現下游經銷商和消費者溯源查詢提供依據和憑證。
平臺根據企業用戶設置的庫存數量預警信息，自動對水產養殖企業投入品庫存數量較少的產品進行預警提示，方便企業進行進貨。當點擊該預警后，可詳細查看具體預警信息，根據實際情況進行相應的處理。
通過建立全市水產品質量安全追溯體系，利用已記錄的標記追溯產品的用藥、檢疫、所處場所及其他相關信息，提高政府主管部門對水產品質量安全的監管效率，對可能存在的水產品質量安全突發事件，增強執法人員的應急處置能力。
基于溯源碼，消費者登錄農產品質量安全追溯服務平臺，輸入條碼，或者手機聯網查詢等多種查詢方式，通過互聯網實現與系統平臺的數據互聯和共享，快速查詢獲取水產品的產地信息、企業信息、生產過程信息和質量檢測全過程信息，滿足公眾不同層次的信息查詢需要，促進放心消費。
